Томский мемориальный музей истории политических репрессий «Следственная тюрьма НКВД» (структурное подразделение Томского областного краеведческого музея) расположен в подвальном помещении здания, в котором в 1923–1944 гг. находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД.
Территория, прилегающая к зданию, служила внутренним двором тюрьмы, где в настоящее время расположен Сквер Памяти. В 1992–2011 гг. здесь были установлены: памятник жертвам большевистского террора на томской земле, памятные знаки репрессированным калмыкам, полякам, эстонцам и латышам. В настоящее время музей и Сквер Памяти представляют собой единый мемориальный комплекс, занимающий заметное место в музейном и архитектурно-историческом пространстве Томска.
Постоянная экспозиция музея включает в себя: реконструированный тюремный коридор, камеру для подследственных заключенных и интерьер кабинета следователя. В четырех залах музея (бывших камерах) расположены такие разделы постоянной экспозиции, как: «Хроника репрессий на Томской земле»; «Большой террор»; «Расстрельный крест»; «Белостокская трагедия»; «ЧСИРы»; «Их трагические судьбы»; «Судьба священника»; «Колпашевский яр»; «ГУЛАГ и спецпереселенцы Нарымского края»; «Подземный расстрельный коридор», оформленный скульптурной композицией «Уходящий в небытие»; а также персональные стенды с биографическими материалами и документами поэта Н. А. Клюева, философа Г. Г. Шпета и других. Среди экспонатов: копии и подлинные документы следственных дел, фотоальбомы, вышивки, картины, рисунки, игральные карты, поделки из дерева и камня, изготовленные в лагерях и ссылках.